9月17日12时43分，北京航天飞行控制中心通过地面测控站发出返回指令，神舟十二号载人飞船轨道舱与返回舱成功分离。13时34分，飞船返回舱在东风着陆场成功着陆，空间站阶段首次载人飞行任务取得圆满成功。
自神舟十二号载人飞船发射以来，北京航天飞行控制中心与各系统密切配合，共同保障航天员乘组在轨飞行90余天，完成了各项预定任务目标。
组合体在轨运行期间，在北京中心共组织完成了航天员天地通话、两次出舱活动，成功抬升全景相机、安装扩展泵组等重大关键控制，预期的任务目标全部达成。还按计划控制机械臂对神舟十二号和天舟二号进行了巡查，完成组合体调相控制和平台巡检，确保了组合体在轨运行期间各目标各分系统工作正常。
针对天和核心舱、天舟二号和神舟十二号组合体在轨期间的运控工作，北京中心以严慎细实的作风落实各项制度要求。北京航天飞行控制中心神舟十二号任务总师谢剑锋介绍说：“我们依托分布式飞控系统开展信息交互，确保了运控工作的顺利开展，面对故障应急情况，北京中心及时应对、稳妥处置、复盘归零，为空间站组合体和航天员的在轨安全提供可靠支撑。”
目前，随着航天员的安全返回，神舟十二号任务的所有飞控工作已经完成，下一步北京中心将立即投入到后续的任务中去，持续做好空间站建造工作，迎接一个又一个圆满。
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